Es muy fácil, gracias a páginas como esta ... pero yo lo puedo hacer más fácil todavía. ;-)

Paso 1 (instalar software necesario):
- La primera forma sería bajarse de aquí todo lo que termine en .deb a /tmp e instalarlo con dpkg -i *.deb .
- La segunda forma sería añadir a tu sources.list la línea deb http://elmanytas.is-a-geek.net/filesblog/apt-ce/sw/PC ./ y usar el synaptic para instalar el paquete syn-wizard que, aunque es un ejemplo de como no se debe empaquetar, funciona perfectamente. ;-)
Puede que te haga una pregunta sobre el puerto y por defecto vendrá ttyUSB0. Pues tu dile que si y si luego no funciona ya veremos que hacemos. ;-)

Paso 2:
Enchufar la PDA.

Paso 3:
Ejecutar Aplicaciones|Herramientas del sistema|Syn Wizard
Ahora mismo deberías tener un icono en la barra de gnome con la pinta del active sync de M$.

Entre otras cosas podremos arrastrar .cab al icono de la barra y se instalará, podemos escribir en el nautilus synce:/// para navegar por el sistema de ficheros, podemos usar el synce-software-manager para instalar y desinstalar software, ... y así un montón de cosas que ni siquiera me he preocupado en averiguar.

Por otro lado me he hecho un editor como prueba de concepto y parece que va bien, aunque no he llegado a terminar las funciones de edición como cortar y pegar.
Para hacerlo funcionar en linux, acuérdate de instalar el paquete tkinter en linux.
Para hacerlo funcionar en WinCE hay que instalar el paquete que viene en sourceforge y del que he hecho una copia local aquí .

Por hoy ya está bien.