Eso me pasó a mi unas cuantas veces hasta que encontré la causa.

Te puede estar pasando por tener habilitados los efectos de escritorio que se pueden quitar en "Sistema | Preferencias | Apariencia ", pestaña de "Efectos visuales" y radiobutton "Ninguno".

Si aún así te sigue saliendo la pantalla negra probablemente no tengas instalados los drivers de la tarjeta de video. ¿No te sale en la barra de arriba algo que dice que hay drivers privativos para instalar?
Si es así, instálalos y verás como empieza a verse bien el nexuiz.

Es muy adictivo. Yo me he tenido que bajar una expansión porque me he acabado todos los niveles.