Igualito, lo poco que se tarda en BASH que lo que se tarda con la chusta de programa ese :-)

no has probado ponerles un cygwin? o casi mas chulo, hacer una mini aplicacion que envie el fichero a una maquina linux, esta haga el curro y lo devuelva...hasta via web se podria hacer en 2 nanosegundos.

Pero claro eso implicaria mas productividad y no siempre es lo que se busca :-D